马尾区（古属福州府闽县）位于东经119°37′，北纬25°29′，地处我国东南沿海、闽江下游北岸，距闽江口17海里，是福建省的军商要港，福州的水上门户。这一带正是乌龙江、白龙江与琴江三江交汇的地方，三江自闽安镇、长门流入东海。东南临江与长乐区隔江相望，东北毗邻连江县琯头镇，西与晋安区宦溪镇接壤，地势西北高东南低。地质构造处在中国东南沿海华厦系第二复式隆起带东缘福州盆地东侧，属江口溺谷海湾型游沙堆积，区内第四系厚度一般为30－40米，自山边沿江增厚，基岩为变质火山岩和花岗岩。马尾属南亚热带海洋季风气候，全年冬短夏长，温暖湿润，温和多雨，四季如春，年平均气温19℃，是夏日避暑休闲的好去处，境内主导风向为东北风，年降雨量约1382毫米。地表水资源丰富，闽江年过境径流量611.35亿立方米。土壤有红壤、潮土、风沙土、盐土和水稻土等5种。植被属南亚热带季雨林和亚热带常绿阔叶林交接处，种类繁多，主要为常绿阔叶林，主要树种有马尾松、杉木、榕树、相思树等。2018年10月，马尾区入选2018年全国科技创新百强区和2018年全国新型城镇化质量百强区。
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