黑水县以境内黑水河而得名。藏语安多方言称黑水为“措曲”，“措”生铁之意、“曲”水这意，引伸为黑水。因河流贯穿全境，河水呈黑色故称。1952年7月24日，黑水获得解放，同年9月成立黑水行政委员会（县级）。1953年12月建置芦花县，1954年更名为黑水县。

黑水县位于四川省西北部，阿坝藏族羌族自治州中部，青藏高原东南缘横断山脉中段北端的岷江上游，与闻名遐迩的九寨沟毗邻，介于东经102°35′—103°30′，北纬31°35′—32°38′之间。境内最高海拔5286米，最低海拔1790米，平均海拔3544米。县城芦花海拔2350米，距省会成都310公里，距州府马尔康176公里。位于大九寨旅游环线之内，交通便捷，通讯畅通。

地势由西北向东南倾斜，平均海拔3,544米。高差1,000～2,000米。四周群山环绕，境内群山屹立，山峦起伏，雪峰对峙，河谷深切。海拔5,200米以上雪峰4座。色尔古河坝最低，海拔1,790米，境内岷江上游三条支流黑水河、毛儿盖河、小黑水河和48条溪流形成网系。